Trung tâm dịch vụ phục vụ khách du lịch toạ lạc tại thị trấn Phong Nha thuộc huyện Bố Trạch. Cổng vào Trung tâm dịch vụ này nằm bên đường Hồ Chí Minh. Khách du lịch tham quan hang động mua vé tham quan bao gồm cả chi phí ca nô, vé vào cửa. Khách được ca nô chở ngược theo sông Son đến thăm động Tiên Sơn và động Phong Nha. Ngoài ra còn có tua du lịch sinh thái riêng.

Sau khi vườn quốc gia này được công nhận là di sản thế giới, chính quyền tỉnh Quảng Bình đã bổ sung ngành du lịch là một trong 4 ngành kinh tế mũi nhọn của địa phương. Với những ưu thế về hệ thống hang động và đa dạng sinh học, Vườn Quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng đã được khai thác để phát triển du lịch với các loại hình du lịch:

• Du lịch khám phá hang động bằng xuồng[54].
• Du lịch sinh thái, khám phá hệ động thực vật[55].
• Leo núi mạo hiểm: ở đây có hàng chục đỉnh núi có độ cao tương đối trên 1.000 m, dốc đá vôi dựng đứng phù hợp cho các hoạt động leo núi thể thao mạo hiểm.

Một trong những tuyến du lịch mới là đi bằng du thuyền theo dòng sông Chày để ngược vào rừng sâu. Càng đi ngược dòng sông Chày, dòng chảy sông này càng khúc khuỷu, đi qua nhiều thác ghềnh và đến khu vực rừng Trộ Mợng. Tuyến này đã được các đơn vị kinh doanh du lịch khảo sát và đề nghị mở tuyến du lịch sinh thái rừng Phong Nha-Kẻ Bàng để sớm đưa vào phục vụ khách du lịch ngoài tuyến tham quan các hang động Phong Nha và Tiên Sơn. Khu vực Phong Nha-Kẻ Bàng có thác Chài cao khoảng 50 m, có bãi Ràn Bò... Tên gọi Ràn Bò do đây là nơi bò tót sinh sống và sinh đẻ ở đây.

Trong 3 năm sau khi được UNESCO công nhận, lượng du khách đến tham quan Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng đã gia tăng đột biến[56]. Sân bay Đồng Hới đã được xây dựng và đưa vào hoạt động từ ngày 18 tháng 5 năm 2008 để đáp ứng nhu cầu khách du lịch, với tuyến bay nối với Sân bay quốc tế Nội Bài ở Hà Nội từ ngày 1 tháng 9 năm 2008 và Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất ở Thành phố Hồ Chí Minh từ ngày 1 tháng 7 năm 2009[57].Việc Phong Nha-Kẻ Bàng được công nhận là di sản thế giới như là một cách quảng cáo tự nhiên, là một cú hích cho phát triển du lịch, đặc biệt là thu hút du khách quốc tế[58]. Tỉnh Quảng Bình cũng đã cấp phép cho một số dự án du lịch lớn như: khu biệt thự nghỉ dưỡng sông Son, khu nghỉ mát Đá Nhảy, khu nghỉ mát 4 sao Sun Spa... để tăng chất lượng phục vụ khách du lịch. Phong Nha Kẻ Bàng, cùng với các di sản thế giới khác tại miền Trung: Cố đô Huế, Phố cổ Hội An, Thánh địa Mỹ Sơn, Không gian văn hóa Cồng Chiêng Tây Nguyên, cũng là một tuyến điểm quan trọng trong chương trình quốc gia về du lịch mang tên Con đường di sản miền Trung do Tổng cục Du lịch khởi xướng và phát động[59].

Năm 2015, Cục Di sản văn hóa đã công bố về số lượng khách tham quan các điểm du lịch Việt Nam, theo đó dẫn đầu là Quần thể danh thắng Tràng An đón hơn 5 triệu lượt khách, tiếp theo là vịnh Hạ Long đón trên 2,5 triệu lượt khách, cố đô Huế đứng thứ ba với hơn 2 triệu lượt khách, phố cổ Hội An đón khoảng 1,1 triệu lượt khách; Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng đón khoảng 740.000 lượt khách.[60]

Nhờ lượng du khách tham quan khu vực Phong Nha-Kẻ Bàng, khoảng 1.000 dân khu vực Xuân Sơn đã sống bằng nghề du lịch (dịch vụ thuyền tham quan, hướng dẫn viên, nhiếp ảnh…). Nhiều người trước đây là lâm tặc nhưng hiện đã chuyển sang bảo vệ rừng trong vườn quốc gia này. Trung tâm Văn hóa Du lịch Phong Nha-Kẻ Bàng hiện có 248 thuyền, tạo việc làm cho 500 cư dân địa phương, với mỗi thuyền bao gồm 2 người được huấn luyện các kỹ năng an toàn và hướng dẫn du khách và có thu nhập khoảng 70.000 đồng mỗi ngày. Trong năm 2000, trung tâm này đã đào tạo cho những người sơn tràng địa phương để họ chuyển đổi nghề nghiệp từ phá rừng sang bảo vệ rừng và cung cấp dịch vụ du lịch[56].

Tuy nhiên, do công tác quảng bá, cung ứng dịch vụ, tiện ích cho khách du lịch đến thăm vườn quốc gia này hầu như chưa có nên từ năm 2005 đến nay, khách đến tham quan Phong Nha-Kẻ bàng bắt đầu chững lại và giảm dần, chủ yếu là khách nội địa, trong đó lượng khách đến Phong Nha-Kẻ Bàng đến lần thứ hai chỉ chiếm 10%[61].

Việc bố trí đèn chiếu sáng trong các hang động vẫn chưa được thực hiện một cách khoa học, không làm nổi bật nét đẹp huyền ảo tự nhiên của thạch nhũ. Bên trong hang động vẫn chưa bố trí hợp lý nhà vệ sinh dành cho du khách tham quan[62].